Habilidades secundarias são técnicas que são fortes e que nem todos os ninjas tem. É possivel ter habilidades especiais e também uma habilidade secundaria.
Kugutsu no JutsuRestrições: Ser Gennin e ser de Suna
Usuários no Anime: Kankuro, Sasori, Chiyo, Mukade, Kokuyou e etc...
Usuários no Forum: Kebraosso ; Jinpachi (Kazekage) [2/15]
Armas NinjasRestrições: Ser Gennin
Usuários no Anime: Tenten
Usuários no Forum: Goraima ; Alone [2/15]
RasenganRestrições: Ser Gennin e ser de Konoha
Usuários no Anime: Naruto, Jiraya, Minato e Kakashi
Usuários no Forum:, [0/5]
FuuinjutsusRestrições: Ser Chuunin
Usuários no Anime: Minato, Iruka, Danzou, Jiraya e etc
Usuários no Forum: Ryan ; Takagi ; Dale Dale; Shiin;Unai [5/10]
Juin JutsuRestrições: Ser Jounnin e ter Iryonin
Usuários no Anime: Orochimaru e Kabuto
Usuários no Forum: [0/2]
Kemuri no JutsuRestrições: Ser Chuunin
Usuários no Anime: Kirigi, Kamira e Kiho
Usuários no Forum: Michiyo ; The Bounty Hunter [2/10]
Bunretsu no JutsuRestrições: Ser Kage e ser de Iwa
Usuários no Anime: Muu
Usuários no Forum: Yukio (Tsuchikage) [1/1]
Shou no JutsuRestrições: Ser Kage e ser de Konoha
Usuários no Anime: Sandaime Hokage
Usuários no Forum: [0/1]
Raigou SenjusatsuRestrições: Ser Jounnin
Usuários no Anime: Chiriku e Sarutobi Asuma
Usuários no Forum: Black;[1/10]
Bushitsu ShinsouRestrições: Ser Jounnin e ser de Kumo
Usuários no Anime: Mabui
Usuários no Forum:Alone (Samui [1/1]
BukujutsuRestrições: Ser Jounnin
Usuários no Anime: Onoki
Usuários no Forum: Crazy Man [1/5]
Tsume SakuseiRestrições: Ser Gennin
Usuários no Anime: Yugito Nii
Usuários no Forum: Lana Hira ; [1/5]
ChidoriRestrições: Ser Gennin e ter Raiton
Usuários no Anime: Sasuke e Kakashi
Usuários no Forum: [0/5]
ShabondamaRestrições: Ser Gennin, ser de Kiri e ter Suiton
Usuários no Anime: Utaka
Usuários no Forum: [0/1]
Jigokuzuki - Yonhon NukiteRestrições: Ser Kage, ser de Kumo e ter Raiton
Usuários no Anime: Sandaime Raikage
Usuários no Forum: Mello [1/1]
Tajuu Kage Bushin no JutsuRestrições: Ser Gennin
Usuários no Anime: Namikaze Minato, Hatake Kakashi, Shizune e Uzumaki Naruto
Usuários no Forum: Gohan ; Minatoevox; Rin; [3/5]